Come tutti i giovani, l’artista prende parte alle mostre Prelittoriali, riservate agli studenti universitari: un passaggio obbligato nel capillare sistema fascista di controllo e organizzazione, che riguardava anche il mondo artistico. Partecipa nel 1940 e nel 1941, quando si classifica ai primi posti.
Scoppia la guerra: Giovanni è arruolato e inviato sul fronte francese, dove gli viene comunicata la notizia dell’improvvisa morte della madre. Prende congedo e rientra a Genova: grazie all’interessamento del direttore dell’Accademia, non torna alle armi
Prende invece attivamente parte alla Resistenza (insieme al compagno di studi Giacomo Buranello). Nasconde inoltre nel proprio studio lo scultore Agenore Fabbri, ricercato dalle Brigate Nere.
Nonostante il momento di pericolo, Novaresio continua come altri artisti cittadini ad esporre ed ottiene spesso consensi (come nel caso della XIV Interprovinciale d’Arte ).
Fa parte del gruppo che gravita attorno alla galleria Romano, ma soprattutto è tra i fondatori del sodalizio culturale de “L’Isola”, che dirige insieme a Sandro Cherchi. Questa associazione si interessa non solo a pittura e scultura, ma anche a musica e teatro: si organizzano infatti spettacoli e concerti dei più importanti solisti. Viene pubblicata anche la rivista “Sipario” (diretta da Ivo Chiesa), per la quale Novaresio disegna la copertina del primo numero e illustra “Caligola” di Camus. Questa galleria diviene in breve tempo la sede privilegiata per l’avanguardia a Genova. Ad essa si avvicineranno anche Scanavino, Fieschi e Borella, che indicherà Novaresio come uno dei suoi maestri.
Giovanni sperimenta in questi anni nuove forme di espressione:esegue le illustrazioni per “Il romanzo di rama” di Giovanna Atzori e realizza la scenografia dell’ “Anphitirion 38” di Girardoux, messo in scena da Giulio Cesare Castello (1948).
Invitato alla Biennale di Venezia, rifiuta per solidarietà con gli amici esclusi ed impone, in qualità di membro della giuria di accettazione per la Mostra di Pittori Italiani in Argentina, la partecipazione di Scanavino.
Novaresio espose una serie di opere astratte, nelle quali era protagonista il segno essenziale, dalla materia piena e voluminosa. In questi anni il pittore aveva aperto uno studio anche nel capoluogo lombardo.
